ストラメノパイルのなかの光合成を行う生物（黄色植物）と系統上の位置が明確でないハプト藻はよく似た葉緑体をもっています。葉緑体は２枚の葉緑体ERで囲まれ，葉緑体ERの外膜は核の外膜と連絡しており，また葉緑体ERと葉緑体膜の間の空間（ペリプラスチダルコンパートメント）には小胞が存在します。黄色植物の多くでは葉緑体膜の直下に3重チラコイドからなる袋状（断面ではリング状）のチラコイドがあり，周縁ラメラ（ガードルラメラ
girdle lamella）とよばれています。周縁ラメラがあると，ほとんどの場合，葉緑体DNAはその直下にリング状に存在しています。ハプト藻では周縁ラメラの存在は知られておりません。
クロロフィルｃとフコキサンチンをもつ点で色素組成もよく似ており，このことからかつては，ハプト藻も黄色植物（黄金色藻綱のイソクリシス目）の仲間とされていました。
葉緑体が葉緑体ERに囲まれ，その外膜が核膜と連絡しているという体制は，ヌクレオモルフとペリプラスチダルコンパートメントの細胞質の有無を除けば，クリプト藻と大変よく似ています。このことから黄色植物とハプト藻の葉緑体は真核藻類の共生に由来するものであり，クリプト藻でみられる退化した共生体の核（ヌクレオモルフ）や細胞質をもつ状態を経て，これらが完全に退化することによって現在みられる葉緑体の姿になったものと考えられています。
このような共生が1回だけ起こったのか，それともそれぞれの系統で独立に起こったのか分かっておりません。クリプト藻と黄色植物そしてハプト藻の葉緑体が共通の共生の結果と考える立場にたってこれらがひとつの巨大な系統群を形成していると考えるた結果，クロミスタ界が設立されています。
黄色植物
黄色植物は多くの分類群から構成されています。ほとんどはクロロフィルcをもちますが，その組成には変異が知られています。真眼点藻綱の藻類はクロロフィルとしてaだけをもち，cを欠いています。さらにキサントフィルの組成も分類群によって異なっています。なかでも，黄緑色藻綱とラフィド藻綱のうちの淡水産のなかま，そして真眼点藻綱では多くの黄色植物に共通のキサントフィルであるフコキサンチンがなく，そのために藻体は緑色に近い色調をもっています。
| 黄金色藻綱Chrysophyceae | 珪藻綱Bacillario- phyceae |
ラフィド藻綱Raphidophyceae | |
| クロロフィル | a, c1, c2 | a, c1, c2, c3 | a, c1, c2 |
| カロチン | αｰ,β-,ε-carotene | β-,ε-carotene | β-carotene |
キサントフィル |
fuxoxanthin zeaxanthin α- cryptoxanthin violaxanthin neofucoxanthin diatoxanthin diadinoxanthin neoxanthin |
fucoxanthin diatoxanthin diadinoxanthin neofucoxanthin echinenone canthaxanthin neoxanthin |
淡水種 diadinoxanthin vaucheriaxanthin heteroxanthin dinoxanthin, neoxanthin |
| 海産種 fucoxanthin violaxanthin zeaxanthin | |||
| 葉緑体の構造 | 4枚の包膜に囲まれる，外側の2枚は葉緑体ER，内側の2枚が葉緑体膜。3重チラコイドラメラ。周縁ラメラが存在する（注）。葉緑体DNAは周縁ラメラに沿ってリング状に分布する。 | ||
| 褐藻綱Phaeophyceae | 黄緑色藻綱Xanthophyceae | 真眼点藻綱Eustigmato- phyceae | |
| クロロフィル | a, c1, c2, c3 | a, c1, c2 | a （cはない） |
| カロチン | β-,ε- carotene |
β-carotene | β-carotene |
| キサントフィル | fucoxanthin antheraxanthin violaxanthin diatoxanthin diadinoxanthin neoxanthin |
diatoxanthin diadinoxanthin vaucheriaxanthin heteroxanthin neoxanthin |
violaxanthin antheraxanthin canthaxanthin vaucheriaxanthin neoxanthin |
| 葉緑体の構造 | 葉緑体は4重膜に囲まれる，外側の2枚は葉緑体ER，内側の2枚が葉緑体包膜，3重チラコイドラメラ， | ||
| 周縁ラメラが存在する（注）。葉緑体DNAは周縁ラメラに沿ってリング状に分布する。 | 周縁ラメラは無い。葉緑体DNAは分散型。 | ||
黄金色藻綱や黄緑色藻綱では周縁ラメラをもたない種も多く知られています。
| クロロフィル | a, c1, c2 | |||
| カロチン | α- carotene β-carotene | |||
| キサントフィル | fucoxanthin 19'-hexanoyl- oxyfucoxanthin 19'-butanoylo- xyfucoxanthin echinenone canthaxanthin α-cryptoxanthin diadinoxanthin vaucheriaxanthin dinoxanthin | |||
| 葉緑体の構造 | 葉緑体は4重膜に囲まれる，外側の2枚は葉緑体ER，内側の2枚が葉緑体包膜，3重チラコイドラメラ，周縁ラメラは無い | |||