
ラフィド藻綱の藻類は以下のような共通の特徴を持つ。
| 2本の鞭毛はともに長い。 | |
| 前鞭毛 (anterior flagellum)は管状マスチゴネマをもつ。細胞前方に伸ばして鞭毛運動(サインカーブに似た運動)を行い,推進力をつくる。 | |
| 他の鞭毛(後鞭毛(posterior flagellum))はムチ型で特別な修飾構造をもたず,遊泳時に細胞後方に伸ばすことから曳航鞭毛 (trailing flagellum)ともよばれる。 | |
| 鞭毛はトランジッショナル・ヘリックス (transitional helix)をもたない。 | |
| 細胞は壁やロリカなどの外被をもたず,細胞膜が露出している。 | |
| 核の先端部を複数のゴルジ体が円錐状にとりまく。 | |
| 多数の葉緑体をもつ。 | |
| 葉緑体はガードルラメラをもつ(Chattonella, Fibrocapsaではみられない)。 | |
| 葉緑体ERと核膜の連絡はみられない。 | |
| 眼点を欠く。 | |
| クロロフィル a, c1, c2をもつ。 |
淡水産の種と海水産の種は補助色素の組成が異なり,そのために淡水の種は緑色,海産の種は褐色である。
| 淡水産種 | β−カロチン,ディアディノキサンチン,ボーケリアキサンチン,ヘテロキサンチン |
| 海産種 | β−カロチン,フコキサンチン |