この生物群は，光合成色素からみると，黄色植物と同様にクロロフィルａ，ｃをもつことに加えて，藍藻や紅藻，灰色植物と共通の色素タンパク質であるフィコビリン（フィコエリスリンとフィコシアニン）をもつことで特徴的づけられる。このような色素組成をもつ藻類は他に知られておらず，多様な藻類群のなかでも特異なものである。

細胞構造も独自で，特に葉緑体とそれを包む2枚の膜（葉緑体小胞体，葉緑体ER）の間に細胞質と同じ真核生物型の80Sリボソームをもつ区画ペリプラスチダルコンパートメント(periplastidal compartment)がある。葉緑体はミトコンドリアとともに原核生物型の小型のリボソーム(70Sリボソーム）をもつので，このような区画の存在は極めて特異である。

ヌクレオモルフ (nucleomrph)

ペリプラスチダルコンパートメントにはヌクレオモルフ (nucleomrph) と呼ばれる，2重膜に包まれ，RNAとDNAを有する構造がある。これは細胞の核と大変よく似た構造である。ヌクレオモルフとは核のような構造という意味である。

ヌクレオモルフは細胞分裂，葉緑体分裂と同調して2分裂を行い娘細胞に伝えられる。このような自己増殖能とRNA，DNAの存在と2重膜という形態から，この構造は細胞共生した真核生物の核の名残であると考えられている。現在では18SrDNAの系統解析からヌクレオモルフは細胞共生した紅藻類に近縁な生物の核の名残であることが示唆されている。またヌクレオモルフには3本の染色体があり，80Sリボソームをコードする遺伝子が含まれていることが明らかになっている。

このようにクリプト藻は真核藻類の共生で葉緑体が獲得されるという，葉緑体の成立の一つの過程を示す生物群であり，真核光合成生物（植物）の多様性を考えていく上で貴重な生物群である。

クリプト植物の細胞の成立過程