ＯＲＩ−ＧＥＮＥを用いた細胞性粘菌ｃＤＮＡ　ライブラリーの解析

［背景]　

　現在あらゆる生物種でゲノムＤＮＡあるいはｃＤＮＡの解析が進められている。その結果、大量の塩基配列データ、アミノ酸配列データが蓄積している。それらのデータは、コンピューター上でデータベースとして管理され、インターネットなどのネットワークを介して利用可能となっている。今後の課題として、これらのデータからいかに情報を抽出するかに焦点が当てられる。計算機を利用した情報学的手法はその１つの大きな鍵として期待されている。そのような新たな解析ツールの１つとして、我々の研究室の水野は「ＯＲＩ−ＧＥＮＥ」を開発した。これを用いることで、ある遺伝子についての相同性検索の結果を利用することで、それに類似する遺伝子がどのような生物種で見いだされるかを判別しその分布パターンを進化系統樹上に提示し、その分布パターンに基づいて遺伝子を分類することが可能になる。これを利用することで、その遺伝子の進化についての知見を得ることができる。今回、私は我々の研究室で進行中の細胞性粘菌ｃＤＮＡプロジェクトで得られた全遺伝子を、このＯＲＩ−ＧＥＮＥで解析した。本発表ではその結果について報告する。

１)細胞性粘菌ｃＤＮＡプロジェクトで得られた全遺伝子（14486クローンのうち5563グループ）を相同性検索(BLAST）にかけ、その結果をＯＲＩ−ＧＥＮＥを用いて解析し、遺伝子をその起源ごとに分類した。

２)また、粘菌の遺伝子を、機能分類されている酵母(S.cerevisiae)の遺伝子とをall-against-allで相同性検索にかけ、その結果からＢＥＳＴ−ＨＩＴ法を用いて粘菌の遺伝子の機能分類を行った。

　酵母機能分類表

ＯＲＩ−ＧＥＮＥのダウンロード