生　物　学　特　講　XV（遺伝子多様性解析法）　　　　Topics in Biology XV〔Computational methods for comparing sequences〕

科目番号：　G30 3101　　
単位数：　２単位
標準履修年次：　２・３年
実施学期　曜時限：　第３学期　集中　春季休業中
担当教官　：橋本　哲男、伊藤　希

授業概要：
近年、遺伝子解析技術の一般的普及に伴い、生物学の広い分野において、遺伝子解析によって得られた配列データが取り扱われるようになってきている。こうしたデータを単独で解析するのに比べ、対応するデータを異なる種間あるいは異なる遺伝子間で比較すると、得られる情報は飛躍的に増大する。本講義では、配列データの比較解析における最も基本的な方法論について、高校レベルでの確率・統計の知識を前提として講述する。さらに、データの取得後、相似度検索、アライメント、分子系統樹に至るまでの実際のデータ解析手法について、コンピュータを用いて演習する。

授業内容：
第１項　配列情報データベースの概要
第２項　分子進化の基礎概念と統計学の準備
第３項　配列データの相似度検索：BLASTとFASTA
第４項　複数配列アライメント法
第５項　分子系統樹の推測

前提科目・履修上の注意事項：　定員を20名程度とする。

単位取得条件、成績評価基準：
出席状況と演習でのレポートをもとに４段階(A-D)の評価を行なう。

指定教科書：　なし

参考書･文献：
D.W.Mount, Bioinformatics: sequence and genome analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY,2001

オフィスアワー：
（橋本）特に定めないので事前に連絡すること。生物農林学系棟B517（電話6660）
E-mail：hashi@biol.tsukuba.ac.jp
（伊藤）特に定めないので事前に連絡すること。生物農林学系棟B811（電話4768）
E-mail: nozomi@biol.tsukuba.ac.jp

備考（受講学生に望むこと）：