生 物 多 様 性 情 報 学 I　　　　　Biodiversity Informatics I

科目番号：　G30 2001
単位数：　１単位
標準履修年次：　２・３年
実施学期　曜時限：　第1学期　水曜日　２時限
担当教員：　稲垣　祐司、伊藤　希、橋本　哲男、

授業概要：
　生物多様性研究、バイオインフォマティックスの基本となる、生体高分子の配列データ（塩基配列・アミノ酸配列）の相同性検索法の講述と、生物サテライト室を使用した実践的講義を行う。主に扱うトピックは、(i) 配列類似度解析法の解説と実践的利用、(ii) 公的データベースの解説とその実践的利用、(iii) 複数配列アライメント法の解説と応用、などである。

授業内容：
（１）生物多様性の分子生物学
（２）配列類似度解析法−講義（1）
（３）配列類似度解析法−講義（2）
（４）配列類似度解析法−実習*
（５）BLASTによるデータベース検索−講義
（６）BLASTによるデータベース検索−実習（1）*
（７）BLASTによるデータベース検索−実習（2）*
（８）多重アライメント法−講義
（９）多重アライメント法−実習（1）*
（10）多重アライメント法−実習（2）*
*生物サテライト室使用予定。授業内容は変更される可能性がある。

前提科目・履修上の注意事項：
生化学概論、遺伝学概論、分類学概論の内容の理解を前提とする。パソコンを用いた解析を行うため、キーボードからの文字入力、インターネット閲覧用ブラウザの使用経験があることが望ましい。また英語ウェッブサイトを使用するため、そのサイト内の英文の読解は必須である。生物サテライト室を随時使用するため、受講人数の上限を30名程度とする。

単位取得条件、成績評価基準：
演習のレポートと学期末試験の成績を総合評価する。

指定教科書：　なし

参考書・文献：
１）「分子進化学 ―解析の技法とその応用―」宮田隆編 (1998) 共立出版
２）「バイオインフォマティクス」David W. Mount／岡崎康司、坊農秀雅（監訳）(2002) メディカルサイエンスインターナショナル ISBN 489592307X

オフィスアワー：
特に定めない。事前連絡が望ましい。
稲垣祐司：総合研究棟B 1205D（電話3968）E-mail: yuji@ccs.tsukuba.ac.jp
伊藤希：生物農林学系棟B811（電話4768）E-mail: nozomi@ biol.tsukuba.ac.jp
橋本哲男：生物農林学系棟B517（電話6660）E-mail: hashi@biol.tsukuba.ac.jp

備考（受講学生に望むこと）：