生 物 多 様 性 情 報 学 II　　　　　Biodiversity Informatics II

科目番号：　G30 2101
単位数：　１単位
標準履修年次：　２・３年
実施学期　曜時限：　第２学期　集中
担当教員：　深海　薫

授業概要：
　生物多様性研究に必要となる諸データベースの内容、利用法などについて解説する。研究に必要な情報を適切なデータベースから効率よく取得できるようになることを目標とする。生物サテライト室において随時演習を行う。

授業内容：
（１）生物多様性とバイオデータベース
（２）代表的なバイオデータベースについて（１）
（３）代表的なバイオデータベースについて（２）
―文献ＤＢ、核酸配列ＤＢ、アミノ酸配列ＤＢ、タンパク質立体構造ＤＢ、ドメインＤＢ、ゲノムＤＢ、モデル生物ＤＢ、リソースＤＢなどについて概要、成り立ち、各ＤＢ間の関係について紹介―
（４）バイオデータベースを使ってみよう（１）演習＊
（５）バイオデータベースを使ってみよう（２）演習＊
―上記ＤＢの代表的なサイトに実際にアクセスし、検索・解析ツールを使ってみる―
（６）バイオデータベース構築・運用における諸問題について
（７）コンピュータシステムとしてのバイオデータベース
（８）リレーショナルデータベース概論
（９）バイオデータベースを作ってみよう（１）演習＊
（10）バイオデータベースを作ってみよう（２）演習＊
―バイオデータベースがどのような形でコンピュータに格納されているのか理解を深めるため、リレーショナルデータベースシステムの１つであるPostgreSQLを用い、実際に小さなデータベースを作成してみる―

５時間ずつ２日間の集中講義とする。＊の授業はサテライト室での演習の予定。

前提科目・履修上の注意事項：
一年次の概論科目および生物多様性情報学I、分子進化学Iを履修済みであることが望ましい。
パソコンを用いた演習を行うため、キーボードからの文字入力等のパソコン使用経験があることが望ましい。
生物サテライト室にて演習を行うので、受講人数の上限を30人程度とする。制限を越えた場合は生物多様性情報学Iの単位取得者を優先する。

単位取得条件、成績評価基準：
演習のレポートならびに講義後のレポートを総合評価する。

指定教科書：　特に定めない。必要に応じて、プリントを配布する。

参考書・文献：
１）「DDBJの利用法―配列データの登録・検索・解析」五條堀 孝、菅原 秀明　編（２００５）共立出版
２）「バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法―今日からできるバイオインフォマティクスはじめの一歩」中村 保一、石川 淳、礒合 敦　編（２００２）羊土社

オフィスアワー：
随時（但し,　予めメールで連絡すること.）
深海　薫　e-mail ：kfukami@brc.riken.jp

備考（受講学生に望むこと）：