藻類の系統については多くのことが分かってきました。分類系は明らかになった系統関係をできるだけ反映するべきものです。ラムール (1819年）ハーヴィー (1836年）らの葉緑体の色調に基づいた分類系から，さらに細胞形態を加えたパッシャー(1910-1930)の分類系を経て，藻類の分類系はより信頼できるものになってきました。今世紀後半の電子顕微鏡の発達と分子系統の発展によるところ大です。

現在では，藻類が起源の異なる生物群の集合であることをみとめつつも，歴史的に水中の酸素発生型光合成生物を扱う「藻学：phycology」の立場から分類が行われています。原核生物である藍藻や原核緑藻は，もちろん細菌のなかまです。しかし，歴史的にこれらの研究は藻類学者 (phycologists)が行ってきた経緯があり，「藻類」として扱われています。藻類の分類系は，系統関係を別途理解しながら，みる必要があります。

藻類は一般におよそ10の門，20の綱として認識されています。

この分類系は，特に綱の階級ではまだまだ不完全な部分が残されています。たとえば，緑色植物のプラシノ藻綱やアオサ藻綱，黄色植物の黄金色藻綱はあきらかに複数の起源のことなる系統群を含んでおり，今後整理が必要です。綱の数はさらに増加して行かざるを得ないでしょう。実際そのような手続きが行われています。

藻類は分類形質の項で扱ったさまざまな形質によって特徴づけられています。門の階級で簡単にまためると図のようになります。この図では，葉緑体がどのようにして獲得されたと考えられているかも加えました。