藍藻や原核緑色藻は原核生物なので，当然ながら葉緑体は存在しません。むしろ細胞それ自体が葉緑体のもとになった生物と考えられるので，真核藻類の葉緑体と比較されるべきものです。

	藍色植物門 Cyanophyta	原核緑色植物門 Prochlorophyta
クロロフィル	a	a, b
カロチン	β-carotene	β-carotene
キサントフィル	zeaxanthin echinenone canthaxanthin myxoxanthophyll oscillaxanthin
フィコビリン	c-phycocyanin c-allophycocyanin c-phycoerythrin （cは藍藻cyanophyteのc） フィコビリソームとして存在 フィコビリソームはフィコシアニンとフィコエリスリンからなる顆粒状の構造で，チラコイド膜の上に配置されている。明反応のための光はフィコビリソームで捕獲され，チラコイド膜に位置する反応中心に送られる。 藍藻には青緑色から赤紫，茶色に近い色調をもつものがあるが，これはフィコシアニンとフィコエリスリンの割合，フィコビリソームの構造の違いによる。	なし 原核緑藻は系統的には藍藻のなかでクロロフィルａを獲得し，フィコビリンを二次的に失った仲間と考えられる
細胞の構造	原核細胞なので，チラコイドを除くと内膜系はほとんど発達していない。チラコイドは1重で，同心円，または平行に配置されている。細胞中心部にはDNAやリボソーム，あるいはRubiscoの結晶であるカルボキシソームなどがみられる。